Ustanovitelji
Slovenska učiteljska društva se povežejo v Zavezo slovenskih učiteljskih društev s sedežem v Ljubljani. Zaveza krepi in utrjuje narodno in stanovsko pripadnost ter zavest med slovenskimi učitelji. Društva na letnih srečanjih postavljajo priložnostne šolske razstave. Prvo stalno razstavo učil je postavilo Pedagoško društvo v Krškem leta 1888, drugo pa šolsko upraviteljstvo v šoli na Ledini v Ljubljani leta 1892, kjer je šest let pozneje začel delovati tudi šolski muzej.
Ustanovitev
Zaveza slovenskih učiteljskih društev na letnem zboru ob 50-letnici vladanja cesarja Franca Jožefa ustanovi Šolski muzej slovenskega in istrsko-hrvatskega učiteljstva, ki ga odprejo na prvi mestni deški šoli na Ledini. Delovanje muzeja je z zbiranjem starih in nakupi novih učil namenjeno v prvi vrsti učiteljem za njihovo nadaljnje izobraževanje in izpopolnjevanje. Učiteljska društva so muzeju med prvimi podarila zlasti bogato knjižno gradivo. Muzej je prvi specialni in prvi vseslovenski muzej.
Prekinitev delovanja
Muzej po kratkotrajnih namestitvah in selitvah iz ene v drugo osnovno šolo, v gostilniško sobo, pa vse do zatočišča na Ljubljanskem gradu zaradi finančnih in prostorskih težav Zaveze preneha delovati. Zbrano knjižno gradivo deponirajo v kleti Učiteljske tiskarne, zbrana učila pa prodajo in podarijo Družbi sv. Cirila in Metoda za njene šole v Trstu. Prva svetovna vojna in njene posledice so oddaljile misel na skorajšnjo obnovitev muzeja, ki se med učitelji nikoli ni povsem izgubila.
Ponovna ustanovitev
Kraljeva banska uprava ustanovi Muzej slovenskega ljudskega šolstva na poskusni osnovni šoli za Bežigradom. Učitelji so želeli spoznati tudi zgodovinski razvoj slovenskega šolstva od njegovih začetkov do najnovejšega časa. Muzej je začel zbirati muzejsko in dokumentarno gradivo slovenskih osnovnih šol, v načrtu je bilo tudi zbiranje gradiva srednjih šol in ustanovitev Muzeja slovenskega srednjega šolstva. Najbolj so pritegovale učne knjige, učila in učni načrti, ki so jih uporabljali v šolah na slovenskem ozemlju.
Preimenovanje v sedanji naziv
Leta 1943 so zbrano muzejsko gradivo spravili v zaboje in jih uskladiščili v NUK-u, manjši del pa leta 1944 v kletnih prostorih prosvetnega oddelka Pokrajinske uprave na Tomšičevi ulici. Po vojni leta 1945 so gradivo prenesli na učiteljišče, leta 1946 pa v osnovno šolo Ledina v Ljubljani. Muzej slovenskega šolstva – oddelek za ljudske šole v Ljubljani se leta 1949 preimenuje v Slovenski šolski muzej, njegovo delovno področje pa se razširi na celotno šolstvo na slovenskem ozemlju.
Notranja preureditev po oddelkih
Začetek sistematičnega popisa muzejskega gradiva in predmetov ter urejanja zbirk. Z reorganizacijo celotnega muzeja so bili vzpostavljeni trije temeljni oddelki: razstavna zbirka, pedagoška knjižnica in arhiv. Takšna delitev je bila podlaga in vodilo za razvrščanje muzejskih predmetov in gradiva. Sledili so načelu, da šolski muzej ne sme biti skladišče knjig, učil itd., temveč si mora prizadevati za stalen stik z učitelji in javnostjo, objavlja pa naj tudi poročila o gradivu, ki ga zbira. Postopoma so oblikovali še Dokumentacijski center za zgodovino šolstva in fototeko.
Iz šole v dijaški dom
Ker je šola na Ledini nujno potrebovala nove učilnice, Slovenski šolski muzej preselijo na Poljansko cesto v prostore DIC-a (Dom Ivana Cankarja), v katerih je do leta 1945 deloval zasebni vzgojni in učni zavod Marijanišče. Površina muzejskih prostorov se je povečala na 274 kv. metrov, kar je bilo povečanje za več kot polovico, glede na površino muzejskih prostorov na šoli na Ledini. Muzej je bil primerno urejen, glavna pomanjkljivost pa so bili premajhni razstavni prostori. Muzej je ohranil veliko zgodovinskega gradiva, ki je postalo dostopno in je služilo raziskovalcem zgodovine šolstva.
Postavitev stalne razstave v prostorih nekdanjih uršulinskih šol
Po preselitvi muzeja v prostore nekdanjih uršulinskih šol na Plečnikovem trgu št. 1 (1984) je bil na nekdanjem šolskem hodniku leta 1988 odprt prvi del stalne razstave Šolstvo na Slovenskem skozi stoletja (od prazgodovine do pomladi narodov 1848), med letoma 1999 in 2006 pa v štirih korakih še njen drugi del (do slovenske osamosvojitve). Ob postavitvah posameznih delov stalne razstave so izšli razstavni katalogi, muzej pa je natisnil tudi več preglednih publikacij o zgodovini šolstva na Slovenskem in kataloge občasnih razstav.
Izdajanje samostojne revije Šolska kronika
V obdobju socialistične Jugoslavije se je muzej povezoval s primerljivima muzejema v Zagrebu in Beogradu, s katerima je od leta 1964 izdajal skupno revijo Zbornik za zgodovino šolstva in prosvete. Z osamosvojitvijo Slovenije je leta 1992 začel izdajati samostojno revijo Šolska kronika – zbornik (revija) za zgodovino šolstva in vzgoje, ki je edina revija v Republiki Sloveniji za področje zgodovine šolstva. V reviji se redno objavljajo znanstveni in strokovni prispevki s področja šolske preteklosti, spomini na šolo, poročila o muzejskemu delu in ocene izdanih publikacij.
Stare učne ure
Z uvajanjem aktivnih metod muzejskega dela se je v muzeju začel uveljavljati nov pristop do obiskovalcev. Obisk muzeja ni več usmerjen samo na ogled razstav ali udeležbo na muzejski delavnici, ampak je povezan tudi z doživetjem, ki ga omogočajo stare učne ure po starih vzgojnih metodah in učnih vsebinah. Od prve učne ure se je program do začetka dvajsetih let postopoma razširil na štirinajst različnih vsebin iz več obdobij zgodovine šolstva. Za izvajanje obsežnega programa so se muzeju po izdelanem izobraževalnem načrtu pridružili zunanji sodelavci, ki so ob novih obiskovalcih muzej še bolj odprli navzven.
Odprtje nove stalne razstave Šola = zakon
Po celoviti prenovi razstavnih prostorov je bila po sodobnih muzeoloških načelih in zadnjih spoznanjih šolsko-zgodovinske stroke postavljena interaktivna stalna razstava, ki predstavlja zgodovinski razvoj vzgoje in izobraževanja na Slovenskem od prazgodovine do sedanjosti, z učilnico v oblaku pa bo segla tudi v prihodnost. Na majhnem prostoru na različne načine odpira pogled na številne vsebine. Tako po sestavi in razporeditvi razstavnih elementov kot tudi po interpretaciji razstavnih vsebin je posebna in odstopa od do zdaj tradicionalnih postavitev. Ob odprtju razstave je izzvenela tudi dve leti trajajoča epidemija covida-19.
Prenos dejavnosti muzeja športa na Slovenski šolski muzej
Z uveljavitvijo sklepa Vlade RS je bila 1. februarja 2022 z Zavoda za šport RS Planica na Slovenski šolski muzej prenesena dejavnost muzeja s področja športa. Slovenski šolski muzej, ki opravlja javno službo na področju šolske in vzgojno-izobraževalne dediščine, je prevzel tudi skrb za športno dediščino ter razvoj muzejske dejavnosti na področju športa in telesne kulture. Z novo sistemizacijo delovnih mest, večjo finančno podporo in predvidenimi novimi prostori se tako Slovenskemu šolskemu muzeju kot tudi Muzeju športa obetajo boljši pogoji delovanja in opravljanja muzejskega poslanstva.